前にも似たような話題でコメントしましたが、最初からジョブにするのは実質的に無理だと思います。
どうしてもというなら、ゲーム開始時からLv30でジョブクエから始めるくらいしか思いつきません。
一方「習得したジョブに対しては必ずソウルクリスタルが装備される」というだけならまだましです。
付け忘れの多くは「武器だけ変えて最強を押す」ような手順の結果と聞きますので、最強にソウルクリスタルが含まれるようにすればいいでしょう。
あるいは武器の装備時に対応するソウルクリスタルも自動で装備されることでも実現できそうです。
前提として、「召喚師と学者共通の本を、学者が装備できなくする」必要はあるでしょう。
もう一歩進んで「アーマリーチェストからソウルクリスタルをなくす」選択肢もあるでしょう。
その場合、ジョブクエのカットシーンのみでの登場となりそうです。
前提として、クラフターのマイスターは別の方法で運用する必要はありますがチェストの容量確保には貢献できます。
現状できそうな中では「ギアセットリストからホットバーに登録することを周知させる」のがいいと思います。
