NOANIEさんのご回答で誤解が解けました。
どうやらゲームにおいてモラルは士気や戦意という意味でも違和感なく用いられるようである意味安心しました。
モラルという言葉が戦意という意味合いでゲーム内で登場するのはこのゲームが自分の中ではじめてだったので、オンラインゲームということもあり、プレイヤーの振る舞いがキャラに影響するとかそういう話かと最初誤解しちゃったりして…でも外国語の方だと違うので、あれ…となってしまいました。確かに他の方がおっしゃるようにそれぞれ語源的には重なるわけですが、現在はそれぞれ別の語として区分されていますから、自分のように紛らわしいと思う方がいたのも仕方ないかも、とも思いました。
まあ、ロマサガ等のゲーム内ではモラルと使われていて整合性が取れているという意味で、とりあえず現状のままでいいということでしょうか。