「魂を蝕む」が消えることについては、
一応、設定に沿ったものなんじゃないですかね。
(残ってたほうが好き、という意見をとがめているのではありません)
( ↓ はエンブリオ未クリアの方にはネタバレになるのでご注意ください)
そもそも5000年前の第一次カオス戦役?において、
ゴブリン族の勇者がカオスにトドメを指して、
その時の返り血を武器が浴びていたという設定があり、
現代の勇者グルームファントムことブードックスは、
思考はなぜか昭和ヤンキーに蝕まれていますが、
魂が蝕まれているような様子はありませんでした。
最終決戦の決着時にグルームファントムが持っていた武器が、
やはりカオスの血を浴びたようで一足飛びにプライムウェポン化したというか、
プレイヤーの持つ第二段階をも飛び越えて第三段階に至ってしまったのか、
そのあたりは不明ですが、新生プライムウェポン?でも、
やはり魂が蝕まれているようには見受けられません。
なので、幼獣の魂を封じただけだと魂を蝕まれるが、
カオスの血があればオッケーになるというのは、
5000年前からの由緒正しい仕様なんじゃないでしょうか。