不具合かどうか不明ではありますが、とりあえずこちらに。

手順:
1.モグガーデンの畑にレショーンチの球根を植え、さらに肥料として光のクリスタルを投与する。
 →黒石が収穫できることがある。

2.モグガーデンの畑にレショーンチの球根を植え、さらに肥料として闇のクリスタルを投与する。
 →白石が収穫できることがある。

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光クリと闇クリ投与の結果が逆になってはいないでしょうか?

※メイン・倉庫キャラ含め複数のキャラでこの現象を確認しています。
※他属性のクリスタル(火~水)は全て投与したクリスタルと同属性の原石が収穫できることを
 確認済みです。
※レショーンチの球根でのみこの現象が起こるのか、それとも他の栽培物でもこのような現象が
 起こるかどうかまでは未確認です。