現実的にはどのような対策をしても、自動操縦のツール作成者といたちごっこになるのは自明です。
ユーザによってはそこにリソースを使うなら、もっと他のコンテンツの拡充に充ててほしいと考える人もいると思います。

私は恒久的な対策が難しい以上、自動操縦がより稼ぎにくくなる対策を入れるべきだと思います。
一般ユーザも影響を受けますが、ロボ対策だと言うことで多くのユーザの理解は得られるはずです。

具体的には、シグネットやサンクションのような一定時間で切れるステータス変化を街で付与して、
それが切れた場合はジョブポイントやエクゼンプラーポイントが一切入らないようにします。
敵を倒す（〆た）キャラが切れた場合は、そのパーティ/アライアンスメンバー全員が取得できず、
パーティ・アライアンスメンバーが切れた場合は、その人のみが取得できないようにします。

ランペール墓（シグネット）は10時間以上で長すぎるため、
エスカの神符のような1-2時間程度の新たな認印的なものを設けるのが良いと思います。
こうすると、ロボが非効率ながらも無制限に24時間動き続けて客の為に活動をするには、
ロボと客の双方が1-2時間毎に街に戻る必要があるので殆ど商売にならないと思います。

他の目的と合わせ技にするなら、庭のマート前のモグにこの新たな認証機能を持たせて、
これが有効な間はマスターレベルが有効となり（戦闘不能時のロストあり）
認印がない場合はマスターレベル無効で、エクゼンプラーポイントも入らないが戦闘不能時のロストも無くなる
というのでも良いと思います。モグに小芝居がてら説明させる事もできるのでルール周知も違和感なく出来ます。

高難度コンテンツに挑む場合は、ロスト無しにするため全員マスターレベル無しで練習して、
戦法が確立したところでマスターレベルを有効にしてクリアを目指すといった使い方もできそうです。