私は３強武器を持っていない立場から発言させていただきます。
３強武器はRareExも含めて他の同種の武器より１，２割D値が高い、HQに相当する隔、武器や固有WSの特徴に合ったステータスの付与、固有WS、アフターマスが付いているものと思います。
レリックWSはLv85の潜在レリックWS武器、ミシックWSは神器クエストで修得できます。
エンピ武器はレリック、ミシックと比較すると作成難度が低く、かつWSの威力が半端ないものがあります。
その点からレリック、ミシック武器の強化は必然で、D値、付与ステータス、固有武器を使用している場合のWSの格差是正、アフターマスの調整は必要かと考えます。
WSそのものを強化すると潜在レリックWS武器持ち、ミシックWS修得者も恩恵にあずかれてしまいますがね。（潜在レリックWS武器は強化できませんが・・）