昨年、信長の野望onlineでサーバ統合が行われた際は、
キャラクター移動と同時にある一定条件下でのキャラクター削除も行われました。
削除基準は、５レベル未満かつ半年間ログインしていない・プレイ時間１時間未満・
１年以上非ログインかつ２０レベル以下、といったものでした。
また、名前のかぶりがあった場合は、累積経験値数・最終ログイン時間で優先度を決定していました。

上記の条件下でも賛否両論悲喜こもごもな状態での統合でしたし、
そもそもFF１１と信onではゲームシステムなんかの差があるので単純にこのまま適用できるわけでは
ありませんが、何らかの参考にはなるんじゃないでしょうか。