おぼろげなきおくですが、

フジトさんのコメントに、箱はデフラグ機能がないから、
長期間プレイしているとそうなると書いてあったような。

再インストールするとデフラグと同じ効果で、改善するとそのときは書いてありましたね。
フォーラムのどこかのスレにあったとおもう。