結論から言うと、特に不具合ではなさそうですね。
要因は2つありまして

・ちょっと前までアラインメントがもっと上がっていた

ちょっと前までヴォイドウォッチキャンペーンなるものが行われており、その内容は
弱点をつかなくても最初からアラインメントが上がっている状態で戦闘できる、と言うものです。

なので、今までアラインメントが上がっていたのは...