レリミシエンピで撃てばアフターマスが発動するWSを撃った時点で、対応してない武器でのWSの場合、それまで発動していたアフターマスは消滅し、そのWSにそれまでのアフターマス効果は乗らない処理すれば解決な気がします。
当然、現在クエで解放されているミシックWSも対象になりますが、エンピ・ミシック・レリック間のWSまたぎが問題になるならそれで良いと思います。
自分はコイン武器によるWS解放は、ミシックの例もありますし賛成派です。
(りゅーさんでは雲蒸竜変で非常にお世話になりました。)
レリミシエンピでアフターマスを続けたければ、同じWSを使い続けるか、間にメリポWSや通常のWSって事で良いと思います。
