「コンテンツによって決定的な向き不向きがある」ということ自体は問題がないし、そういう調整をしていくのは正解の一つだと思うのですが、たぶんプレイヤー側のストレスが大きかった原因としては、「Aジョブに適性のないコンテンツでしかドロップしないAジョブ装備があり、かつそれは競売流通不可のアイテムである」とか、「全部または一定数のコンテンツクリアフラグがミッション、クエスト、上位コンテンツの進行条件になっている」という点だったのではないかと思います。
前者については昔からそういう傾向があったとも言われますが、ギフト1200超＋宅配不可のエクレア装備が大半の時代にジョブチェンジ必須というのが合っているかどうかと考えれば疑問ではあります(※いずれギフトはカンストするし、装備は大雑把にまとめられている&バッグの追加で解決する問題かもしれません)。
幸か不幸か、今後は新しいミッションやクエストが追加される可能性はないだろうので、後者についてはこれ以上心配することもないとは思いますけれども。