あまり詳しく書くと消されそうですが。
USERフォルダのコピーでアイテムの並びの維持はできた気がしたので、先ほど実際に試してきました。
2台のPC間は環境がないので試せませんが、同一PC内では可能でした。
手順は以下の通りです。
1．USERフォルダの該当キャラクターのフォルダをバックアップ
2．USERフォルダの該当キャラクターのフォルダを削除
3．一度該当キャラクターでログインし、ログアウト、FF11のキャラクター選択画面へ(この時アイテムの並びはユーザの意図したものとは異なってます)
4．USERフォルダの該当キャラクターのフォルダが生成されているので削除し、1．のバックアップを貼り付け
5．該当キャラクターでログイン、アイテムの並びが元通りであることを確認
かばんだけではく、魔法リスト、ジョブアビリティ、ウェポンスキル、マウントの並びも移行できていました。
もっとも、ジョブアビリティ、ウェポンスキルはジョブチェンジするだけで並びがリセットされてしまいますが。
公式には推奨されたやり方ではないと思うので、実行される際は自己責任でお願いします。