いまさらですが私も同じ状況(窓化してブラウザと行き来すると重くなる、してなくても突然作動停止する)状態が続き、いろいろ試してみたのですが状況が変わらず困っていました。
・パソコン:自作
・OS:Win7Pro 64bit
・メインメモリ:8GB(2GB X 4)
・グラフィックチップ:Radeon HD 6950
・ビデオメモリ:1G
・グラフィックドライババージョン:8.961-120405a-137813C-ATI(12.6)
・常駐ソフトウェア:avast! Free Antivirus
・エラーメッセージの有無:あり
・エラーメッセージの内容:Playonline viewerは動作を停止しました
某最新MMOでも同じ症状でゲームパッドが使えなかったのですが(1,2時間で重くなってカクカクする)USBドライバーが悪さをしていてその症状が出るということがあったので、試しにゲームパッドのドライバーアンインストールしてをOS標準にして見たところ改善されました。
メーカー製のドライバーではなくなるので振動機能は使えなくなりますが、状況改善が確認できたので試されてみてはいかがでしょうか。
ちなみにパッドはエレコム、バッファローと試しましたが両方で症状が出ました。
更にFFXIトライアルも入れてみましたが同じ状況になったのでこれが原因の場合があるかも?です。