メリポWSのカテゴリ上限をなくし、かわりにジョブカテゴリに「WS選択」として、各ジョブ1つだけ使用するWSを選択するというのはどうでしょうか。つまり、メリポWSを全部振っていても、そのジョブのジョブカテゴリで選択したWS以外は使用できないというものです。
例えば、戦士でアップヒーバルを選択したら、メリポ振っていてもルイネーターやレゾリューションは使えなくなります。「WS選択」の切り替えは、モグハで実施することとして、切り替え時のメリポ消費はなく自由に変えられるようにします。スキル上げに行くのでシャッターソウルを選択してとか、コンテンツに行くときはレゾリューションに変えようとか、そういう形の切り替えで運用するようになるかと思います。
まあ、ジョブによっては、切り替えがない(元から1個しか使えない)ジョブもありますが、複数使えるジョブの場合でも同時に複数は使えないという制限になります。こういう方向もありじゃないかなーと思ったので書いてみました。