ほとんど同じ案ではありますが、物資を届けた時点で追加ボーナスがもらえる、という仕様ならできないかと提案してみます。
現状のシステムでは、特定のワークスコールの報酬は使用したチケットの枚数によって完全固定で、かつどのワークスコールの報酬のやり取りも共通のインタフェースになっています。おそらくこれを分岐するように仕組みを変えるのは、それなりの開発リソースを必要とすると思います。
ですが、物資を届けた時点でのF.ビバックの物資情報を参照して、物資が少ないほど(言い換えれば不人気なほど)経験値と同盟戦績にその場でボーナスを発行する、というプログラムを組むのはそれほど難しくないように思います。
ワークスで報酬を受け取るのと違って、高レベルキャラでクリアして低レベルキャラで報酬を得るのは難しくなりますが、それなりに美味しいボーナスであれば奥地のビバックに補給するのも魅力になるのではないでしょうか。