性能が横並びだからこそ、敵の耐性に合わせて属性を使い分ける利点があると思います。

例えばですが、物理系青魔法のようにD値をスキル依存（キャップあり）にするのはどうでしょう？
・ストーンIV　黒68（241） 赤77（244） 学70（233）※カッコ内は当レベルでの精霊スキル値
　D値=精霊スキル×1.7（キャップ541）